国际法院在其官方网站上发表声明，强调南海仲裁案的裁决结果是由常设仲裁法院(PCA)提供秘书服务下的一个特别仲裁庭做出。国际法院作为完全不同的另一机构，自始至终未曾参与该案。联合国在中国新浪微博开设的官方账号13日也表示，常设仲裁法院与联合国没有任何联系，它只是与作为联合国机构之一的国际法院租用了海牙的同一幢楼，即和平宫。
联合国及国际法院都出面与南海仲裁案撇清关系，显然是它们注意到仲裁案及其结果引起了广泛争议，而很多人都误以为该仲裁案的临时仲裁庭隶属于国际法院和联合国，它们不愿意让这些争议影响自己的声誉。
国际法院基于《联合国宪章》而成立，它的15名大法官经严格选举产生，是最权威的国际司法机构。它处理争议必须取得当事方的概括或者特别同意，确保裁决结果的认可程度。常设仲裁法院是根据1899年和1907年两个海牙和平解决争端条约成立的国际机构，它进行仲裁、选择仲裁员也需当事双方同意。
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